1863-1902 வரை வாழ்ந்த சுவாமி விவேகானந்தர் ஹிந்து மதத்தின் மிக முக்கியமான பிரமுகர். மிஷனரிகளின் அடுத்த குறிப்பிடத்தக்க மோதல் இவருடன் நிகழ்த்து. மற்ற மோதல்களுக்கும் இதற்கும் ஒரு முக்கிய வித்தியாசம் உண்டு. சுவாமி விவேகானந்தர் மிஷனரிகளை எதிர்கொண்டது பெரும்பாலும் அவர்களின் சொந்த நாடுகளில்.
அமெரிக்க மற்றும் ஐரோப்பாவில் மிஷனரிகளின் சொந்த பூமியிலேயே சுவாமி விவேகானந்தர் விவாதங்களை நிகழ்த்தினார். 1893-1897 மற்றும் 1899-1900 என்று இரு பகுதிகளாக சுவாமிஜி மேலை நாடுகளில் விஜயம் செய்தார். இந்த இரண்டு காலகட்டங்களிலும் இந்துமதத்தின் செய்தியை அந்நாடுகளுக்கு எடுத்துச் சென்றார். சுவாமிஜி விடுத்த சனாதன அறைகூவலின் விளைவாக மிஷனரி மதத்துக்கு எதிராக ஒரு மிகப்பெரிய அலை அவர்களின் சொந்த நாடுகளிலேயே உருவானது.
அதுவரை மிஷனரி மதம் என்றால் படித்தவர்கள், உயர்ந்தவர்கள் என்று நினைத்துவந்த இந்தியாவின் உயர்மட்டங்களிலும் மாற்றம் நிகழ்ந்தது. மிஷனரிகளின் உண்மை குணம் ஸ்வாமி விவேகானந்தரை அவர்கள் எதிர்கொண்ட விதத்தில் இருந்து அனைவருக்கும் புரிந்தது. இதன் விளைவாக படித்த, உயர்மட்ட இந்துக்களை மதம் மாற்ற முடியாத நிலை மிஷனரிகளுக்கு உருவானது.
படிப்பறிவில்லாத மலைவாழ் மக்களிடமும், பஞ்ச காலங்களில் அடித்தட்டு மக்களிடமும் மட்டுமே மதமாற்றம் செய்ய முடியும் எனும் நிலைக்கு மிஷனரிகள் தள்ளப்பட்டனர். இந்த மதமாற்றங்களுக்கும் ஐரோப்பாவில் இருந்தோ அமெரிக்காவில் இருந்தோ நேரடியாகப் பணம் வரவில்லை. மேலை நாடுகளின் கனவான்கள் இந்திய மக்கள் சேவைக்காக அனுப்பும் பணம் மிஷனரிகள் கையில் கிடைத்தால், அதை வைத்து மத மாற்றம் செய்தனர். இத்தனை பின்னடைவுக்கும் காரணமாக அமைந்தது சுவாமி விவேகானந்தரின் ஆற்றல் மட்டுமல்ல. அவர் முன்னெடுத்த சனாதன தர்மத்தின் பலம் அவரது வாக்கில் ஒளிவிட்டுப் பிரகாசித்து அவரது ஆற்றலுக்கு அளப்பரும் வலிமை கூட்டியது.
விவேகானந்தர் ஆங்கிலக் கல்விமுறையில் பயின்றவர். இந்தக் கல்விமுறை சிலுவை மதத்தை முன்னிறுத்தி, இந்து மதத்தை இழிவாகப் பார்க்கவைக்கும் நோக்கத்தில் உருவானது. ஒரு மிஷனரி கல்லூரியில் படித்த நபர் இந்த சூழ்ச்சியில் இருந்து மீண்டது மட்டுமின்றி, அந்த சூழ்ச்சியின் ஆணி வேறாகிய சிலுவை மதத்தையே அசைத்துப் பார்த்தது சென்ற நூற்றாண்டின் ஒரு அசாத்தியமான நிகழ்ச்சி.
1813இல் கிழக்கிந்தியக் கம்பேனியன் சட்டம் திருத்தி அமைக்கப்பட்டது. இதன்மூலம் நேரடியாக மிஷனரிகளுக்கு அரசு ஆதரவு கிடைத்தது என்று சென்ற பகுதிகளில் பார்த்தோம். இந்த திருத்தம் "மதம் மற்றும் ஒழுக்கத்தை முன்னேற்ற தகுந்த அறிவை கொடுக்க வேண்டும்" என்றும் கூறியது. இன்றுவரை இவ்விஷயத்தில் "எது இந்தியாவுக்குத் தேவையான கல்விமுறை? ஆங்கிலக் கல்வியின் ஒழுக்கம் மற்றும் அறநெறிகள் நம் நாட்டுக்குத் தேவையா?" எனும் விவாதம் தொடர்கிறது.